{ "species": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Ophiodon elongatus", "Oxylebius pictus", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "sampled_species": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Ophiodon elongatus", "Oxylebius pictus", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "unsampled_species": [], "gene_sampling": { "12s": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "16s": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Oxylebius pictus", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "4c4": [ "Hexagrammos decagrammus", "Pleurogrammus azonus" ], "coi": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Oxylebius pictus", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "cytb": [ "Hexagrammos agrammus", "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos octogrammus", "Hexagrammos otakii", "Hexagrammos stelleri", "Oxylebius pictus", "Pleurogrammus azonus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "enc1": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus" ], "ficd": [ "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "glyt": [ "Hexagrammos otakii" ], "hoxc6a": [], "kiaa1239": [ "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "myh6": [ "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "nd2": [ "Ophiodon elongatus" ], "nd4": [], "panx2": [ "Pleurogrammus monopterygius" ], "plagl2": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "ptr": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus" ], "rag1": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus" ], "rag2": [], "rhodopsin": [], "ripk4": [ "Hexagrammos lagocephalus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "sh3px3": [ "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus", "Pleurogrammus monopterygius" ], "sidkey": [], "sreb2": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus" ], "svep1": [], "tbr1": [ "Hexagrammos otakii", "Ophiodon elongatus" ], "vcpip": [], "zic1": [ "Hexagrammos decagrammus", "Hexagrammos lagocephalus", "Hexagrammos otakii" ] }, "taxonomy": { "class": [ "Actinopteri" ], "cohort": [ "Euteleosteomorpha" ], "division": [ "Euacanthomorphacea" ], "family": [ "Hexagrammidae" ], "infraclass": [ "Teleostei" ], "infracohort": [ "Eurypterygia" ], "infraorder": [ "Hexagrammales" ], "megacohort": [ "Osteoglossocephalai" ], "order": [ "Perciformes" ], "section": [ "Ctenosquamata" ], "series": [ "Eupercaria" ], "subclass": [ "Neopterygii" ], "subcohort": [ "Neoteleostei" ], "subdivision": [ "Percomorphaceae" ], "suborder": [ "Cottoidei" ], "subsection": [ "Acanthomorphata" ], "supercohort": [ "Clupeocephala" ], "superorder": [] }, "tiprates_dr": { "Hexagrammos agrammus": 0.1243, "Hexagrammos decagrammus": 0.0447, "Hexagrammos lagocephalus": 0.0671, "Hexagrammos octogrammus": 0.1669, "Hexagrammos otakii": 0.1669, "Hexagrammos stelleri": 0.0942, "Ophiodon elongatus": 0.0442, "Oxylebius pictus": 0.0376, "Pleurogrammus azonus": 0.0467, "Pleurogrammus monopterygius": 0.0467 }, "tiprates_bamm_lambda": { "Hexagrammos agrammus": 0.0701, "Hexagrammos decagrammus": 0.07, "Hexagrammos lagocephalus": 0.0701, "Hexagrammos octogrammus": 0.0701, "Hexagrammos otakii": 0.0701, "Hexagrammos stelleri": 0.0701, "Ophiodon elongatus": 0.07, "Oxylebius pictus": 0.058, "Pleurogrammus azonus": 0.07, "Pleurogrammus monopterygius": 0.07 }, "tiprates_bamm_mu": { "Hexagrammos agrammus": 0.0016, "Hexagrammos decagrammus": 0.0016, "Hexagrammos lagocephalus": 0.0016, "Hexagrammos octogrammus": 0.0016, "Hexagrammos otakii": 0.0016, "Hexagrammos stelleri": 0.0016, "Ophiodon elongatus": 0.0015, "Oxylebius pictus": 0.0003, "Pleurogrammus azonus": 0.0016, "Pleurogrammus monopterygius": 0.0016 }, "mean_dr": 0.0839, "mean_bamm_lambda": 0.0688, "mean_bamm_mu": 0.0015, "matrix_phylip": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales.phylip.xz", "matrix_nexus": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales.nex.xz", "chronogram": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales.tre", "phylogram": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales_phylogram.tre", "rogues": [ "Oligocottus_snyderi", "Oligocottus_maculosus", "Oligocottus_rubellio", "Orthonopias_triacis", "Leiocottus_hirundo", "Clinocottus_analis", "Oligocottus_rimensis", "Clinocottus_recalvus", "Clinocottus_globiceps", "Clinocottus_embryum", "Artedius_fenestralis", "Artedius_notospilotus", "Clinocottus_acuticeps", "Artedius_harringtoni", "Artedius_corallinus", "Artedius_lateralis", "Ruscarius_creaseri", "Chitonotus_pugetensis", "Icelinus_tenuis", "Icelinus_filamentosus", "Icelinus_quadriseriatus", "Icelinus_cavifrons", "Icelus_spiniger", "Icelinus_oculatus", "Icelinus_fimbriatus", "Icelinus_burchami", "Icelinus_borealis", "Rastrinus_scutiger", "Icelus_bicornis", "Icelus_spatula", "Myoxocephalus_brandtii", "Myoxocephalus_jaok", "Myoxocephalus_polyacanthocephalus", "Myoxocephalus_stelleri", "Myoxocephalus_ochotensis", "Myoxocephalus_scorpius", "Myoxocephalus_thompsonii", "Myoxocephalus_quadricornis", "Megalocottus_platycephalus_platycephalus", "Megalocottus_platycephalus_taeniopterus", "Myoxocephalus_octodecemspinosus", "Myoxocephalus_aenaeus", "Enophrys_taurina", "Enophrys_bison", "Taurulus_bubalis", "Enophrys_lucasi", "Enophrys_diceraus", "Gymnocanthus_galeatus", "Gymnocanthus_intermedius", "Gymnocanthus_detrisus", "Gymnocanthus_tricuspis", "Gymnocanthus_herzensteini", "Psychrolutes_marmoratus", "Ebinania_macquariensis", "Cottunculus_thomsonii", "Ebinania_vermiculata", "Cottunculus_microps", "Psychrolutes_phrictus", "Psychrolutes_paradoxus", "Psychrolutes_sigalutes", "Malacocottus_kincaidi", "Malacocottus_zonurus", "Dasycottus_setiger", "Eurymen_gyrinus", "Artediellus_uncinatus", "Artediellus_atlanticus", "Artediellus_scaber", "Cottiusculus_gonez", "Artediellus_fuscimentus", "Zesticelus_profundorum", "Triglops_murrayi", "Triglops_nybelini", "Triglops_pingelii", "Triglops_macellus", "Triglops_scepticus", "Radulinus_boleoides", "Radulinus_asprellus", "Trichocottus_brashnikovi", "Asprocottus_herzensteini", "Asprocottus_platycephalus", "Asprocottus_korjakovi", "Asprocottus_pulcher", "Cottinella_boulengeri", "Abyssocottus_korotneffi", "Limnocottus_griseus", "Limnocottus_godlewskii", "Limnocottus_pallidus", "Limnocottus_bergianus", "Abyssocottus_gibbosus", "Batrachocottus_nikolskii", "Batrachocottus_multiradiatus", "Cyphocottus_eurystomus", "Cottocomephorus_grewingkii", "Cottocomephorus_inermis", "Leocottus_kesslerii", "Procottus_major", "Procottus_jeittelesii", "Paracottus_knerii", "Comephorus_dybowskii", "Comephorus_baikalensis", "Batrachocottus_baicalensis", "Cottus_confusus", "Cottus_hubbsi", "Cottus_bendirei", "Cottus_extensus", "Cottus_hypselurus", "Cottus_bairdii", "Cottus_caeruleomentum", "Cottus_rhotheus", "Cottus_cognatus", "Cottus_girardi", "Cottus_chattahoochee", "Cottus_tallapoosae", "Cottus_carolinae", "Cottus_paulus", "Cottus_baileyi", "Cottus_beldingii", "Cottus_leiopomus", "Cottus_greenei", "Cottus_perifretum", "Cottus_duranii", "Cottus_rhenanus", "Cottus_gobio", "Cottus_aturi", "Cottus_sibiricus", "Cottus_ricei", "Cottus_asper", "Cottus_gulosus", "Cottus_marginatus", "Cottus_perplexus", "Cottus_pitensis", "Cottus_aleuticus", "Cottus_tenuis", "Cottus_klamathensis", "Cottus_asperrimus", "Cottus_princeps", "Cottus_amblystomopsis", "Cottus_nozawae", "Cottus_volki", "Cottus_hangiongensis", "Cottus_pollux", "Cottus_reinii", "Cottus_poecilopus", "Cottus_kazika", "Trachidermus_fasciatus", "Leptocottus_armatus", "Jordania_zonope", "Nautichthys_pribilovius", "Nautichthys_oculofasciatus", "Podothecus_accipenserinus", "Podothecus_veternus", "Podothecus_sachi", "Leptagonus_decagonus", "Ulcina_olrikii", "Aspidophoroides_monopterygius", "Anoplagonus_inermis", "Freemanichthys_thompsoni", "Sarritor_leptorhynchus", "Agonus_cataphractus", "Bathyagonus_nigripinnis", "Bathyagonus_pentacanthus", "Xeneretmus_leiops", "Xeneretmus_latifrons", "Bathyagonus_alascanus", "Bathyagonus_infraspinatus", "Odontopyxis_trispinosa", "Agonopsis_sterletus", "Agonopsis_vulsa", "Stellerina_xyosterna", "Tilesina_gibbosa", "Hypsagonus_quadricornis", "Blepsias_cirrhosus", "Nautichthys_robustus", "Blepsias_bilobus", "Hemitripterus_villosus", "Hemitripterus_americanus", "Hemilepidotus_jordani", "Hemilepidotus_gilberti", "Hemilepidotus_papilio", "Hemilepidotus_hemilepidotus", "Hemilepidotus_zapus", "Hemilepidotus_spinosus", "Marukawichthys_ambulator", "Rhamphocottus_richardsonii", "Scorpaenichthys_marmoratus", "Paraliparis_neelovi", "Paraliparis_mawsoni", "Paraliparis_paucidens", "Careproctus_georgianus", "Paraliparis_melanobranchus", "Paraliparis_dactylosus", "Lipariscus_nanus", "Paraliparis_garmani", "Paraliparis_bathybius", "Paraliparis_rosaceus", "Paraliparis_pectoralis", "Paraliparis_leobergi", "Paraliparis_charcoti", "Paraliparis_antarcticus", "Paraliparis_valentinae", "Edentoliparis_terraenovae", "Paraliparis_cephalus", "Paraliparis_thalassobathyalis", "Rhinoliparis_attenuatus", "Rhinoliparis_barbulifer", "Paraliparis_copei_copei", "Psednos_melanocephalus", "Psednos_micruroides", "Psednos_groenlandicus", "Rhodichthys_regina", "Paraliparis_meganchus", "Paraliparis_hystrix", "Careproctus_furcellus", "Careproctus_cypselurus", "Careproctus_colletti", "Careproctus_melanurus", "Careproctus_canus", "Careproctus_rastrinus", "Careproctus_reinhardti", "Careproctus_gilberti", "Elassodiscus_caudatus", "Elassodiscus_tremebundus", "Acantholiparis_opercularis", "Careproctus_continentalis", "Careproctus_longipectoralis", "Careproctus_attenuatus", "Crystallichthys_cyclospilus", "Liparis_montagui", "Liparis_liparis_liparis", "Liparis_fabricii", "Liparis_tunicatus", "Liparis_inquilinus", "Liparis_atlanticus", "Liparis_antarcticus", "Liparis_gibbus", "Liparis_fucensis", "Liparis_dennyi", "Liparis_chefuensis", "Liparis_tanakae", "Liparis_agassizii", "Liparis_mucosus", "Liparis_pulchellus", "Liparis_rutteri", "Liparis_florae", "Liparis_callyodon", "Nectoliparis_pelagicus", "Careproctus_phasma", "Eumicrotremus_orbis", "Eumicrotremus_spinosus", "Eumicrotremus_derjugini", "Cyclopterus_lumpus", "Aptocyclus_ventricosus", "Trichodon_trichodon", "Arctoscopus_japonicus", "Lycodes_eudipleurostictus", "Lycodes_mcallisteri", "Lycodes_vahlii", "Lycodes_pallidus", "Lycodes_paamiuti", "Lycodes_palearis", "Lycodes_fasciatus", "Lycodes_brevipes", "Lycodes_adolfi", "Lycodes_terraenovae", "Lycodes_esmarkii", "Lycodes_polaris", "Lycodes_tanakae", "Lycodes_mucosus", "Lycodes_seminudus", "Lycodes_turneri", "Lycodes_raridens", "Lycodes_reticulatus", "Lycodes_lavalaei", "Lycodes_rossi", "Lycodes_concolor", "Lycodes_brunneofasciatus", "Lycodes_soldatovi", "Lycodes_yamatoi", "Lycodes_fulvus", "Lycodes_nakamurae", "Bothrocara_brunneum", "Bothrocara_soldatovi", "Bothrocarina_microcephala", "Bothrocara_pusillum", "Bothrocara_molle", "Lycogrammoides_schmidti", "Bothrocarina_nigrocaudata", "Bothrocara_hollandi", "Lycodapus_leptus", "Lycodapus_mandibularis", "Lycodapus_fierasfer", "Lycodapus_antarcticus", "Lycodapus_endemoscotus", "Lycodapus_pachysoma", "Lycodes_beringi", "Lycodes_diapterus", "Lycodes_cortezianus", "Lycodes_pacificus", "Lycenchelys_paxillus", "Lycenchelys_sarsii", "Lycenchelys_muraena", "Lycenchelys_kolthoffi", "Lycenchelys_verrillii", "Iluocoetes_fimbriatus", "Austrolycus_laticinctus", "Lycodichthys_dearborni", "Lycenchelys_antarctica", "Lycenchelys_jordani", "Lycodichthys_antarcticus", "Melanostigma_pammelas", "Melanostigma_gelatinosum", "Pachycara_brachycephalum", "Lycenchelys_aratrirostris", "Lycenchelys_tristichodon", "Ophthalmolycus_amberensis", "Seleniolycus_laevifasciatus", "Oidiphorus_mcallisteri", "Pachycara_lepinium", "Pachycara_gymninium", "Pachycara_thermophilum", "Lycodes_hubbsi", "Lycodes_japonicus", "Lycodes_toyamensis", "Lycodes_sadoensis", "Lycodes_albonotatus", "Lycenchelys_camchatica", "Lycenchelys_crotalinus", "Eucryphycus_californicus", "Gymnelus_hemifasciatus", "Gymnelus_viridis", "Gymnelus_retrodorsalis", "Lycozoarces_regani", "Zoarces_viviparus", "Zoarces_fedorovi", "Zoarces_elongatus", "Zoarces_andriashevi", "Zoarces_gillii", "Zoarces_americanus", "Hadropareia_middendorffii", "Magadanichthys_skopetsi", "Davidijordania_lacertina", "Davidijordania_poecilimon", "Bilabria_ornata", "Gymnelopsis_ochotensis", "Anarhichas_lupus", "Anarhichas_minor", "Anarhichas_denticulatus", "Anarhichas_orientalis", "Anarrhichthys_ocellatus", "Zoarchias_uchidai", "Zoarchias_major", "Neozoarces_pulcher", "Leptostichaeus_pumilus", "Azygopterus_corallinus", "Eulophias_koreanus", "Lumpenus_fabricii", "Lumpenus_lampretaeformis", "Lumpenus_sagitta", "Acantholumpenus_mackayi", "Anisarchus_macrops", "Anisarchus_medius", "Lumpenella_longirostris", "Leptoclinus_maculatus", "Xenolumpenus_longipterus", "Poroclinus_rothrocki", "Cryptacanthodes_giganteus", "Cryptacanthodes_maculatus", "Cryptacanthodes_aleutensis", "Cryptacanthodes_bergi", "Zaprora_silenus", "Chirolophis_japonicus", "Chirolophis_wui", "Chirolophis_nugator", "Chirolophis_decoratus", "Bryozoichthys_lysimus", "Ernogrammus_hexagrammus", "Stichaeus_punctatus_punctatus", "Stichaeus_ochriamkini", "Ulvaria_subbifurcata", "Stichaeopsis_epallax", "Eumesogrammus_praecisus", "Stichaeus_nozawae", "Stichaeus_grigorjewi", "Stichaeus_fuscus", "Stichaeopsis_nevelskoi", "Xiphister_mucosus", "Anoplarchus_insignis", "Anoplarchus_purpurescens", "Alectrias_alectrolophus", "Alectrias_benjamini", "Apodichthys_fucorum", "Pholis_crassispina", "Pholis_picta", "Pholis_fasciata", "Pholis_nebulosa", "Pholis_fangi", "Pholis_laeta", "Pholis_clemensi", "Pholis_gunnellus", "Pholis_ornata", "Apodichthys_flavidus", "Rhodymenichthys_dolichogaster", "Opisthocentrus_tenuis", "Opisthocentrus_ocellatus", "Opisthocentrus_zonope", "Askoldia_variegata", "Kasatkia_seigeli", "Kasatkia_memorabilis", "Ptilichthys_goodei", "Bryozoichthys_marjorius", "Dictyosoma_burgeri", "Dictyosoma_tongyeongensis", "Cebidichthys_violaceus", "Esselenichthys_carli", "Ronquilus_jordani", "Bathymaster_derjugini", "Bathymaster_leurolepis", "Bathymaster_signatus", "Bathymaster_caeruleofasciatus", "Rathbunella_hypoplecta", "Zaniolepis_frenata", "Zaniolepis_latipinnis" ], "chronogram_mrca": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales_mrca.tre", "phylogram_mrca": "downloads/taxonomy/infraorder/Hexagrammales_mrca_phylogram.tre" }