{ "species": [ "Copeina guttata", "Copeina osgoodi", "Copella arnoldi", "Copella carsevennensis", "Copella compta", "Copella eigenmanni", "Copella meinkeni", "Copella metae", "Copella nattereri", "Copella nigrofasciata", "Copella vilmae", "Derhamia hoffmannorum", "Lebiasina ardilai", "Lebiasina bimaculata", "Lebiasina chocoensis", "Lebiasina chucuriensis", "Lebiasina colombia", "Lebiasina floridablancaensis", "Lebiasina intermedia", "Lebiasina marilynae", "Lebiasina melanoguttata", "Lebiasina minuta", "Lebiasina multimaculata", "Lebiasina narinensis", "Lebiasina ortegai", "Lebiasina provenzanoi", "Lebiasina taphorni", "Lebiasina uruyensis", "Lebiasina yepezi", "Lebiasina yuruaniensis", "Nannostomus anduzei", "Nannostomus beckfordi", "Nannostomus bifasciatus", "Nannostomus britskii", "Nannostomus digrammus", "Nannostomus eques", "Nannostomus espei", "Nannostomus grandis", "Nannostomus harrisoni", "Nannostomus limatus", "Nannostomus marginatus", "Nannostomus marilynae", "Nannostomus minimus", "Nannostomus mortenthaleri", "Nannostomus nitidus", "Nannostomus rubrocaudatus", "Nannostomus trifasciatus", "Nannostomus unifasciatus", "Piabucina astrigata", "Piabucina aureoguttata", "Piabucina boruca", "Piabucina elongata", "Piabucina erythrinoides", "Piabucina festae", "Piabucina panamensis", "Piabucina pleurotaenia", "Piabucina unitaeniata", "Pyrrhulina australis", "Pyrrhulina beni", "Pyrrhulina brevis", "Pyrrhulina eleanorae", "Pyrrhulina elongata", "Pyrrhulina filamentosa", "Pyrrhulina laeta", "Pyrrhulina lugubris", "Pyrrhulina marilynae", "Pyrrhulina maxima", "Pyrrhulina melanostoma", "Pyrrhulina obermulleri", "Pyrrhulina rachoviana", "Pyrrhulina semifasciata", "Pyrrhulina spilota", "Pyrrhulina stoli", "Pyrrhulina vittata", "Pyrrhulina zigzag" ], "sampled_species": [ "Copella nattereri", "Nannostomus beckfordi", "Nannostomus espei", "Pyrrhulina australis" ], "unsampled_species": [ "Copeina guttata", "Copeina osgoodi", "Copella arnoldi", "Copella carsevennensis", "Copella compta", "Copella eigenmanni", "Copella meinkeni", "Copella metae", "Copella nigrofasciata", "Copella vilmae", "Derhamia hoffmannorum", "Lebiasina ardilai", "Lebiasina bimaculata", "Lebiasina chocoensis", "Lebiasina chucuriensis", "Lebiasina colombia", "Lebiasina floridablancaensis", "Lebiasina intermedia", "Lebiasina marilynae", "Lebiasina melanoguttata", "Lebiasina minuta", "Lebiasina multimaculata", "Lebiasina narinensis", "Lebiasina ortegai", "Lebiasina provenzanoi", "Lebiasina taphorni", "Lebiasina uruyensis", "Lebiasina yepezi", "Lebiasina yuruaniensis", "Nannostomus anduzei", "Nannostomus bifasciatus", "Nannostomus britskii", "Nannostomus digrammus", "Nannostomus eques", "Nannostomus grandis", "Nannostomus harrisoni", "Nannostomus limatus", "Nannostomus marginatus", "Nannostomus marilynae", "Nannostomus minimus", "Nannostomus mortenthaleri", "Nannostomus nitidus", "Nannostomus rubrocaudatus", "Nannostomus trifasciatus", "Nannostomus unifasciatus", "Piabucina astrigata", "Piabucina aureoguttata", "Piabucina boruca", "Piabucina elongata", "Piabucina erythrinoides", "Piabucina festae", "Piabucina panamensis", "Piabucina pleurotaenia", "Piabucina unitaeniata", "Pyrrhulina beni", "Pyrrhulina brevis", "Pyrrhulina eleanorae", "Pyrrhulina elongata", "Pyrrhulina filamentosa", "Pyrrhulina laeta", "Pyrrhulina lugubris", "Pyrrhulina marilynae", "Pyrrhulina maxima", "Pyrrhulina melanostoma", "Pyrrhulina obermulleri", "Pyrrhulina rachoviana", "Pyrrhulina semifasciata", "Pyrrhulina spilota", "Pyrrhulina stoli", "Pyrrhulina vittata", "Pyrrhulina zigzag" ], "gene_sampling": { "12s": [], "16s": [ "Copella nattereri", "Nannostomus beckfordi", "Nannostomus espei", "Pyrrhulina australis" ], "4c4": [], "coi": [ "Pyrrhulina australis" ], "cytb": [ "Copella nattereri", "Pyrrhulina australis" ], "enc1": [], "ficd": [], "glyt": [], "hoxc6a": [], "kiaa1239": [], "myh6": [ "Copella nattereri", "Pyrrhulina australis" ], "nd2": [], "nd4": [], "panx2": [], "plagl2": [], "ptr": [], "rag1": [ "Copella nattereri", "Nannostomus beckfordi", "Pyrrhulina australis" ], "rag2": [ "Copella nattereri", "Pyrrhulina australis" ], "rhodopsin": [ "Nannostomus beckfordi" ], "ripk4": [], "sh3px3": [], "sidkey": [], "sreb2": [], "svep1": [], "tbr1": [], "vcpip": [], "zic1": [] }, "taxonomy": { "class": [ "Actinopteri" ], "cohort": [ "Otomorpha" ], "division": [], "family": [ "Lebiasinidae" ], "infraclass": [ "Teleostei" ], "infracohort": [], "infraorder": [], "megacohort": [ "Osteoglossocephalai" ], "order": [ "Characiformes" ], "section": [ "Otophysa" ], "series": [], "subclass": [ "Neopterygii" ], "subcohort": [ "Ostariophysi" ], "subdivision": [], "suborder": [ "Characoidei" ], "subsection": [], "supercohort": [ "Clupeocephala" ], "superorder": [ "Characiphysae" ] }, "tiprates_dr": { "Copella nattereri": 0.0485, "Nannostomus beckfordi": 0.096, "Nannostomus espei": 0.0977, "Pyrrhulina australis": 0.0613 }, "tiprates_bamm_lambda": { "Copella nattereri": 0.0733, "Nannostomus beckfordi": 0.0732, "Nannostomus espei": 0.0732, "Pyrrhulina australis": 0.0733 }, "tiprates_bamm_mu": { "Copella nattereri": 0.0008, "Nannostomus beckfordi": 0.0009, "Nannostomus espei": 0.0009, "Pyrrhulina australis": 0.0008 }, "mean_dr": 0.0759, "mean_bamm_lambda": 0.0732, "mean_bamm_mu": 0.0008, "matrix_phylip": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae.phylip.xz", "matrix_nexus": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae.nex.xz", "chronogram": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae.tre", "phylogram": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae_phylogram.tre", "rogues": [ "Compsura_heterura", "Serrapinnus_piaba", "Odontostilbe_fugitiva", "Serrapinnus_calliurus", "Serrapinnus_notomelas", "Odontostilbe_paraguayensis", "Odontostilbe_ecuadorensis", "Serrapinnus_kriegi", "Odontostilbe_splendida", "Odontostilbe_pulchra", "Acinocheirodon_melanogramma", "Serrapinnus_heterodon", "Odontostilbe_pequira", "Serrapinnus_microdon", "Odontostilbe_stenodon", "Kolpotocheirodon_figueiredoi", "Kolpotocheirodon_theloura", "Macropsobrycon_uruguayanae", "Aphyocheirodon_hemigrammus", "Cheirodon_australe", "Cheirodon_interruptus", "Cheirodon_kiliani", "Cheirodon_ibicuhiensis", "Heterocheirodon_yatai", "Compsura_gorgonae", "Odontostilbe_dialeptura", "Odontostilbe_mitoptera", "Saccoderma_melanostigma", "Prodontocharax_melanotus", "Pseudocheirodon_arnoldi", "Pseudocheirodon_terrabae", "Nanocheirodon_insignis", "Leptagoniates_pi", "Aphyocharax_alburnus", "Aphyocharax_dentatus", "Aphyocharax_rathbuni", "Aphyocharax_anisitsi", "Aphyocharax_pusillus", "Aphyocharax_nattereri", "Prionobrama_filigera", "Prionobrama_paraguayensis", "Leptagoniates_steindachneri", "Xenagoniates_bondi", "Phenagoniates_macrolepis", "Paragoniates_alburnus", "Aphyocharacidium_bolivianum", "Roeboides_bouchellei", "Roeboides_guatemalensis", "Roeboides_myersii", "Roeboides_descalvadensis", "Roeboides_xenodon", "Charax_leticiae", "Charax_michaeli", "Charax_tectifer", "Cynopotamus_kincaidi", "Cynopotamus_magdalenae", "Cynopotamus_venezuelae", "Galeocharax_knerii", "Cynopotamus_argenteus", "Acestrocephalus_sardina", "Phenacogaster_calverti", "Phenacogaster_franciscoensis", "Microschemobrycon_casiquiare", "Tetragonopterus_chalceus", "Tetragonopterus_carvalhoi", "Tetragonopterus_argenteus", "Tetragonopterus_anostomus", "Tetragonopterus_rarus", "Roeboexodon_guyanensis", "Exodon_paradoxus", "Diapoma_speculiferum", "Diapoma_terofali", "Astyanax_alburnus", "Cyanocharax_itaimbe", "Cyanocharax_alegretensis", "Cyanocharax_uruguayensis", "Hypobrycon_maromba", "Odontostoechus_lethostigmus", "Bryconamericus_exodon", "Bryconamericus_iheringii", "Bryconamericus_patriciae", "Piabarchus_analis", "Bryconamericus_stramineus", "Piabina_argentea", "Piabina_anhembi", "Bryconadenos_tanaothoros", "Knodus_moenkhausii", "Knodus_meridae", "Bryconamericus_diaphanus", "Creagrutus_ignotus", "Creagrutus_peruanus", "Mimagoniates_rheocharis", "Mimagoniates_inequalis", "Mimagoniates_lateralis", "Mimagoniates_microlepis", "Lophiobrycon_weitzmani", "Glandulocauda_melanopleura", "Pseudocorynopoma_heterandria", "Gephyrocharax_atracaudatus", "Corynopoma_riisei", "Hemibrycon_taeniurus", "Hemibrycon_boquiae", "Hemibrycon_beni", "Creagrutus_paraguayensis", "Creagrutus_meridionalis", "Planaltina_britskii", "Planaltina_myersi", "Tyttocharax_madeirae", "Xenurobrycon_pteropus", "Bryconamericus_emperador", "Markiana_nigripinnis", "Astyanax_nicaraguensis", "Astyanax_nasutus", "Astyanax_sp", "Astyanax_orthodus", "Astyanax_hubbsi", "Bramocharax_baileyi", "Astyanax_aeneus", "Bramocharax_caballeroi", "Hyphessobrycon_anisitsi", "Astyanax_jordani", "Astyanax_mexicanus", "Astyanax_microlepis", "Astyanax_fasciatus", "Astyanax_trierythropterus", "Astyanax_altiparanae", "Astyanax_bimaculatus", "Astyanax_lacustris", "Astyanax_abramis", "Astyanax_rivularis", "Astyanax_bockmanni", "Astyanax_paranae", "Astyanax_schubarti", "Hyphessobrycon_balbus", "Hasemania_crenuchoides", "Oligosarcus_jenynsii", "Oligosarcus_paranensis", "Oligosarcus_pintoi", "Oligosarcus_hepsetus", "Astyanax_cremnobates", "Psellogrammus_kennedyi", "Ctenobrycon_hauxwellianus", "Astyanax_magdalenae", "Astyanacinus_multidens", "Astyanacinus_moorii", "Nematobrycon_palmeri", "Pseudochalceus_kyburzi", "Carlana_eigenmanni", "Inpaichthys_kerri", "Jupiaba_polylepis", "Jupiaba_anteroides", "Poptella_compressa", "Brachychalcinus_copei", "Stethaprion_erythrops", "Poptella_paraguayensis", "Orthospinus_franciscensis", "Ectrepopterus_uruguayensis", "Gymnocorymbus_ternetzi", "Aphyodite_grammica", "Hemigrammus_rodwayi", "Hemigrammus_ulreyi", "Pristella_maxillaris", "Bryconella_pallidifrons", "Moenkhausia_comma", "Hemigrammus_erythrozonus", "Hemigrammus_marginatus", "Nematocharax_venustus", "Hasemania_nana", "Moenkhausia_intermedia", "Moenkhausia_costae", "Moenkhausia_xinguensis", "Hyphessobrycon_erythrostigma", "Hyphessobrycon_megalopterus", "Hyphessobrycon_eques", "Hyphessobrycon_santae", "Hemigrammus_bleheri", "Paracheirodon_axelrodi", "Paracheirodon_innesi", "Brittanichthys_axelrodi", "Moenkhausia_forestii", "Moenkhausia_sanctaefilomenae", "Bario_steindachneri", "Thayeria_obliqua", "Thayeria_boehlkei", "Rachoviscus_crassiceps", "Rachoviscus_graciliceps", "Hollandichthys_multifasciatus", "Hyphessobrycon_flammeus", "Erythrocharax_altipinnis", "Hyphessobrycon_herbertaxelrodi", "Parecbasis_cyclolepis", "Macropsobrycon_xinguensis", "Hyphessobrycon_reticulatus", "Astyanax_intermedius", "Deuterodon_parahybae", "Astyanax_scabripinnis", "Astyanax_ribeirae", "Deuterodon_iguape", "Probolodus_heterostomus", "Myxiops_aphos", "Coptobrycon_bilineatus", "Stygichthys_typhlops", "Hoplocharax_goethei", "Spintherobolus_leptoura", "Spintherobolus_ankoseion", "Spintherobolus_broccae", "Amazonspinther_dalmata", "Acestrorhynchus_altus", "Acestrorhynchus_pantaneiro", "Acestrorhynchus_lacustris", "Acestrorhynchus_abbreviatus", "Acestrorhynchus_falcatus", "Acestrorhynchus_grandoculis", "Acestrorhynchus_minimus", "Acestrorhynchus_britskii", "Acestrorhynchus_microlepis", "Acestrorhynchus_heterolepis", "Acestrorhynchus_nasutus", "Acestrorhynchus_falcirostris", "Gilbertolus_maracaiboensis", "Roestes_ogilviei", "Gnathocharax_steindachneri", "Heterocharax_macrolepis", "Bryconops_melanurus", "Bryconops_affinis", "Iguanodectes_geisleri", "Piabucus_melanostoma", "Brycon_orbignyanus", "Brycon_orthotaenia", "Brycon_melanopterus", "Brycon_hilarii", "Brycon_amazonicus", "Brycon_moorei", "Brycon_ferox", "Brycon_insignis", "Henochilus_wheatlandii", "Brycon_nattereri", "Brycon_opalinus", "Brycon_pesu", "Salminus_brasiliensis", "Salminus_franciscanus", "Brycon_atrocaudatus", "Carnegiella_strigata", "Carnegiella_marthae", "Gasteropelecus_sternicla", "Thoracocharax_stellatus", "Gasteropelecus_maculatus", "Engraulisoma_taeniatum", "Triportheus_nematurus", "Triportheus_orinocensis", "Triportheus_angulatus", "Triportheus_guentheri", "Triportheus_pantanensis", "Triportheus_albus", "Agoniates_anchovia", "Agoniates_halecinus", "Clupeacharax_anchoveoides", "Lignobrycon_myersi", "Chalceus_epakros", "Chalceus_macrolepidotus", "Chalceus_erythrurus", "Hoplias_microlepis", "Hoplias_aimara", "Hoplias_malabaricus", "Erythrinus_erythrinus", "Hoplerythrinus_unitaeniatus", "Ctenolucius_hujeta", "Cyphocharax_spilotus", "Steindachnerina_elegans", "Cyphocharax_nagelii", "Cyphocharax_modestus", "Cyphocharax_voga", "Cyphocharax_gilbert", "Curimatella_lepidura", "Steindachnerina_brevipinna", "Steindachnerina_insculpta", "Steindachnerina_guentheri", "Cyphocharax_vanderi", "Potamorhina_latior", "Potamorhina_altamazonica", "Curimatella_dorsalis", "Cyphocharax_magdalenae", "Steindachnerina_hypostoma", "Curimatopsis_macrolepis", "Prochilodus_brevis", "Prochilodus_lacustris", "Prochilodus_nigricans", "Prochilodus_costatus", "Prochilodus_lineatus", "Prochilodus_argenteus", "Prochilodus_mariae", "Prochilodus_rubrotaeniatus", "Prochilodus_reticulatus", "Prochilodus_magdalenae", "Semaprochilodus_taeniurus", "Semaprochilodus_kneri", "Semaprochilodus_insignis", "Semaprochilodus_laticeps", "Schizodon_knerii", "Schizodon_nasutus", "Schizodon_intermedius", "Schizodon_fasciatus", "Leporinus_fasciatus", "Leporinus_microphthalmus", "Leporinus_amblyrhynchus", "Leporinus_paranensis", "Leporinus_octofasciatus", "Leporinus_taeniatus", "Leporinus_friderici", "Leporinus_piau", "Leporinus_lacustris", "Leporinus_elongatus", "Leporinus_obtusidens", "Leporinus_reinhardti", "Leporinus_macrocephalus", "Leporinus_muyscorum", "Leporinus_striatus", "Leporinus_conirostris", "Leporinus_steindachneri", "Leporinus_copelandii", "Anostomus_anostomus", "Anostomus_ternetzi", "Serrasalmus_hastatus", "Serrasalmus_hollandi", "Serrasalmus_compressus", "Serrasalmus_rhombeus", "Serrasalmus_geryi", "Serrasalmus_marginatus", "Serrasalmus_serrulatus", "Serrasalmus_irritans", "Serrasalmus_elongatus", "Pygocentrus_nattereri", "Serrasalmus_manueli", "Serrasalmus_brandtii", "Serrasalmus_maculatus", "Pygocentrus_piraya", "Serrasalmus_gouldingi", "Serrasalmus_eigenmanni", "Serrasalmus_medinai", "Pygocentrus_cariba", "Serrasalmus_spilopleura", "Catoprion_mento", "Pygopristis_denticulata", "Pristobrycon_striolatus", "Metynnis_lippincottianus", "Pristobrycon_calmoni", "Metynnis_mola", "Metynnis_hypsauchen", "Myloplus_planquettei", "Mylesinus_schomburgkii", "Tometes_lebaili", "Mylesinus_paucisquamatus", "Myleus_setiger", "Myloplus_rubripinnis", "Tometes_trilobatus", "Myleus_ternetzi", "Ossubtus_xinguense", "Myleus_rhomboidalis", "Myleus_micans", "Piaractus_mesopotamicus", "Piaractus_brachypomus", "Colossoma_macropomum", "Mylossoma_aureum", "Mylossoma_duriventre", "Anodus_orinocensis", "Argonectes_robertsi", "Hemiodus_immaculatus", "Hemiodus_gracilis", "Bivibranchia_velox", "Psectrogaster_amazonica", "Psectrogaster_rutiloides", "Psectrogaster_rhomboides", "Hydrolycus_armatus", "Hydrolycus_scomberoides", "Cynodon_gibbus", "Rhaphiodon_vulpinus", "Apareiodon_affinis", "Apareiodon_piracicabae", "Apareiodon_ibitiensis", "Parodon_nasus", "Parodon_hilarii", "Caenotropus_labyrinthicus", "Chilodus_punctatus", "Hydrocynus_forskahlii", "Hydrocynus_vittatus", "Hydrocynus_tanzaniae", "Hydrocynus_brevis", "Hydrocynus_goliath", "Alestes_inferus", "Alestes_macrophthalmus", "Alestes_liebrechtsii", "Alestes_baremoze", "Alestes_dentex", "Micralestes_occidentalis", "Micralestes_lualabae", "Micralestes_humilis", "Micralestes_stormsi", "Micralestes_acutidens", "Ladigesia_roloffi", "Hemigrammopetersius_barnardi", "Rhabdalestes_maunensis", "Rhabdalestes_septentrionalis", "Brycinus_fwaensis", "Brycinus_comptus", "Brycinus_lateralis", "Brycinus_bimaculatus", "Brycinus_opisthotaenia", "Brycinus_kingsleyae", "Brycinus_nurse", "Brycinus_carolinae", "Brycinus_imberi", "Brycinus_affinis", "Bryconaethiops_microstoma", "Bryconaethiops_boulengeri", "Alestopetersius_caudalis", "Alestopetersius_conspectus", "Alestopetersius_tumbensis", "Alestopetersius_bifasciatus", "Phenacogrammus_compressus", "Alestopetersius_hilgendorfi", "Phenacogrammus_nigropterus", "Phenacogrammus_ansorgii", "Bathyaethiops_greeni", "Bathyaethiops_breuseghemi", "Bathyaethiops_caudomaculatus", "Phenacogrammus_altus", "Phenacogrammus_taeniatus", "Phenacogrammus_interruptus", "Bryconaethiops_macrops", "Clupeocharax_schoutedeni", "Micralestes_pabrensis", "Phenacogrammus_aurantiacus", "Phenacogrammus_polli", "Brachypetersius_huloti", "Nannopetersius_lamberti", "Nannopetersius_mutambuei", "Brachypetersius_notospilus", "Brycinus_longipinnis", "Brycinus_macrolepidotus", "Brycinus_grandisquamis", "Brycinus_schoutedeni", "Brycinus_poptae", "Hepsetus_odoe", "Arnoldichthys_spilopterus" ], "chronogram_mrca": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae_mrca.tre", "phylogram_mrca": "downloads/taxonomy/family/Lebiasinidae_mrca_phylogram.tre" }